Não há um padrão universal para isso em roteadores de consumidores.
Você teria que escrever um script que faça login na interface da Web do roteador e aplique as alterações que você deseja fazer. É possível, e talvez alguém tenha feito isso, mas não seja trivial.
Se as duas unidades tiverem a mesma marca e modelo, você poderá fazer o download das configurações em uma unidade e carregá-la na segunda unidade. Escrever um script para fazer isso pode ser um pouco mais fácil.
Se você puder atualizar ambas as unidades para o DD-WRT, poderá realizar alterações de configuração via telnet ou SSH. O Telnet / SSH é facilmente programável por scripts.
A filtragem por MAC não adiciona muita segurança de qualquer maneira. Qualquer um que você gostaria de manter fora usando isso provavelmente será inteligente o suficiente para pegar um endereço MAC válido a partir do monitoramento do tráfego, o que é totalmente possível mesmo se todo o tráfego for criptografado e a filtragem MAC estiver configurada.