O método exato que qualquer site usa é difícil de dizer, mas existem maneiras de identificá-lo exclusivamente com base nas informações do seu navegador. Um dos grandes pontos de comparação, por exemplo, são as fontes instaladas no site.
Combinando as várias coisas que o navegador (e seus plug-ins) relatam e, em seguida, comparando-as como um todo, você se torna bastante singular.
Confira o link para ter uma ideia.
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