Isso depende do programa que faz o manuseio da configuração. Por exemplo. git
procura por dados de configuração em vários diretórios, por sua vez, o primeiro encontrado é usado. Outros programas podem usar apenas o primeiro arquivo encontrado em alguma ordem, outros apenas usam uma configuração comum.
Você pode jogar com chroot
e montar seu próprio etc
, mas isso terminará em uma confusão que me faz tremer.
Considere cuidadosamente por que cada programa usa os mecanismos de configuração exatos que possui (não, isso não é aleatório; há uma consideração detalhada em cada um deles) e veja como usar > em sua vantagem, em vez de tentar desviar dele.