Crie uma partição fictícia em uma delas, para que você possa vê-la na instalação para reconhecer o disco.
Normalmente eu distingui entre dois discos rígidos em instalações do Windows pelo seu tamanho, no entanto, desta vez eu tenho dois discos rígidos de tamanho igual, como posso saber exatamente qual é qual durante a instalação do Windows 7?