Não é possível ocultar o cabeçalho e o rodapé do Excel com unoconv. Em vez disso, você deve defini-los para seqüências de caracteres vazias no próprio arquivo do Excel antes de passá-lo para unoconv.
Por exemplo, se você gerar arquivos do Excel com python xlwt, poderá fazer isso:
sheet = book.get_sheet(0)
sheet.header_str = ''
sheet.footer_str = ''