Você não precisa fechar o Eclipse para corrigir o problema. Basta fechar a guia "Console" nas exibições, vá para o Windows - > Mostrar vista - > Console. Às vezes, o código do ouvinte para a visualização do console fica louco e começa a gerar exceções.
Espero que ajude.
PS: Essa correção funciona para o Eclipse e o STS