Respondendo a mim mesmo, já que descobri e alguém pode encontrar essa pergunta.
O rbenv instala o executável gem para o xmpfilter (a parte da gem rcodetools usada para os Ruby Markers) em seu diretório shims e o ST2 / Ruby Markers precisa ser informado onde está.
Primeiro no terminal, confirme onde o xmpfilter está com
$ which xmpfilter
Deve ser algo como / Usuários / nome /.rbenv/shims/xmpfilter
Em seguida, no ST2, vá para Preferences-Package Settings-Ruby Markers-User-Settings e cole o seguinte usando o caminho encontrado na etapa anterior
{
"xmpfilter_bin_posix": "/path/to/xmpfilter"
}