Em geral, a regra geral é ter apenas as coisas que precisam "carregar rápido" no SSD, como grandes programas comumente usados, jogos, o SO, é claro, e coisas dessa natureza. Todos os seus "dados" devem estar em uma unidade mecânica mais lenta (como fotos, filmes, músicas, documentos, downloads etc.). Além disso, pegue uma cópia do CCleaner para encontrar e remover qualquer arquivo de Windows que não seja mais necessário (como arquivos que sobram) da atualização do Windows, arquivos temporários da Internet, etc.).
Lembre-se de que, quando uma unidade começa a ficar cheia, o desempenho cai significativamente. Em um SSD, acho que isso é um problema menor até que esteja realmente cheio (mais de 85%); mas em uma unidade mecânica, eles começam a degradar o desempenho muito mais baixo devido às cabeças de leitura / gravação física terem que se mover por todo o lugar apenas para ler seus dados (busca aleatória, etc.).