Eu só posso responder a segunda das suas perguntas no momento.
Um link físico olha para o sistema operacional como se fosse o arquivo original. Isso é intencional, se você excluir um link físico, por exemplo, ele também exclui o arquivo original. Isso é por design. Portanto, não há uma maneira fácil de detectar que é um link, pelo menos visualmente, no Windows Explorer.
ATUALIZAÇÃO: Muito obrigado ao @Vedran por me corrigir & dando uma explicação muito melhor de hardlinks em NTFS. Também por me lembrar que eu não deveria presumir que o que costumava ser verdade pode não ser verdade.
"eles são todos originais. Diferentes nomes de arquivos apontando para os mesmos bits de dados. Quando não há mais ninguém apontando para esses dados, só então ele pode ser considerado como espaço livre."
De acordo com as versões mais recentes do Windows, os links físicos são claramente indicados no Windows Explorer como links.
Como um aparte, a excelente Extensão LinkShell é muito útil para criar diferentes tipos de link e junção do Windows Explorer.