Quais critérios para classificação? Vídeo / Áudio / texto ...? Se sim, tente algo como:
~# find / -name "*.avi" -exec mv -i {} ~/video/ \;
~# find / -name "*.mkv" -exec mv -i {} ~/video/ \;
~# find / -name "*.wav" -exec mv -i {} ~/audio/ \;
~# find / -name "*.mp3" -exec mv -i {} ~/MP3/ \;
...