É pasta térmica à base de prata? Se assim for, não é particularmente condutor de eletricidade, mas tem alguma capacitância. Se estiver em contato com qualquer uma das conexões na CPU, placa-mãe, RAM ou placa de vídeo, isso poderá causar os problemas que você está encontrando. Ele pode essencialmente diminuir o fluxo de dados, o que pode gerar erros que causam o desligamento do sistema, especialmente se ele ficar na RAM.
Se houver algum extra em qualquer parte do seu sistema, seria uma boa ideia tentar removê-lo com cuidado.