A ordem Alt + Tab não é tecnicamente MRU, corresponde à ordem Z das próprias janelas. ( Principalmente. )
Quando você sai de uma janela de tela cheia, essa janela fica minimizada e, portanto, é ordenada após todas as janelas visíveis (não minimizadas).
(Da mesma forma, se você usar Alt Esc para empurrar uma janela abaixo de todas as outras janelas, ela também aparecerá no final em Alt + Tab. ( Mais ou menos. )