Você também pode ler o último horário modificado do FAT e, com o .NET, ele deve ser muito fácil no Windows, pelo menos. link
Dito isto, se você está lendo apenas os volumes do Windows, então o NTFS provavelmente é bom o suficiente, estamos nos aproximando rapidamente de tamanhos de unidades onde o FAT simplesmente não faz sentido algum. Mas, se os dispositivos USB forem usados, eles ainda são FAT.
Se você estiver usando o .NET para o seu aplicativo, eu iria em frente e adicionaria (pode até funcionar com as classes .NET nativas). Se você estiver usando algum tipo de C ++ e COM, pode não valer a pena.