Para instalar todas as atualizações de software e, em seguida, encerrar o sistema, a partir de uma execução do Terminal:
sudo -- sh -c "softwareupdate -i -a && shutdown -h now"
Fazer algo assim automaticamente para todos os outros aplicativos possíveis não é tão fácil. Você teria que escrever algum tipo de script ou daemon que aguarda em segundo plano e, especificamente, verifica se há um download concluído. Se isso é mesmo possível, não sei.
Talvez, se você explicasse mais sobre o motivo pelo qual gostaria de fazer isso, obtivesse melhores respostas.