Somente o uso de padrões glob não funcionará. Você deve fazer um loop em todos os arquivos:
for f in C1*.png ;do convert $f -flop $(echo $f | sed 's/\./right./') ;done
Isso será executado assim:
convert C1.01000.png -flop C1right.01000.png
convert C1.01001.png -flop C1right.01001.png
convert C1.01002.png -flop C1right.01002.png