Existem algumas maneiras de corrigir isso. Uma é anotar o valor de $ TERM antes de iniciar a tela (provavelmente xterm), depois de iniciar o vim na tela, defina a opção 'term' para esse valor. Por exemplo,
:set term=xterm
Outra maneira é definir os mapeamentos para essas sequências de caracteres:
:map <esc>[1;5D <C-Left>
:map <esc>[1;5C <C-Right>
Você pode executar uma dessas soluções no seu ~ / .vimrc condicionalmente usando a tela, assim:
if &term == "screen"
map <esc>[1;5D <C-Left>
map <esc>[1;5C <C-Right>
endif