Você não pode reinstalar o OS X reinstalando uma atualização.
Você precisará inicializar no modo de Recuperação segurando Cmd R durante a inicialização.
Por meio do Recovery System, você pode reinstalar o OS X através de um download da Internet. Depois disso - ou mesmo durante o download, não tenho certeza - o OS X também aplicará todas as atualizações ausentes.
Dependendo do que exatamente você fez, pode até não haver necessidade de reinstalar o OS X completamente. É claro que a restauração do seu backup do Time Machine também seria uma solução aqui. Eu não posso imaginar que a instalação de módulos Python poderia ter causado quaisquer problemas importantes, a menos que você estivesse brincando com sudo .