Muitas coisas podem ser verificadas:
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muito uso de rede desse host? (use: wireshark )
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muita utilização da CPU, resultando em uma queda de pacotes de rede? (use Sysinternals "Process Monitor")
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Configurações de MTU: você pode ter uma configuração abaixo do ideal. Eu apenas faria um ping cada vez maior com o conjunto de bits "não fragmentar" e veria onde ele começa a quebrar, e descobriria então a melhor configuração de MTU (que não é o mesmo número como o tamanho do ping, devido à sobrecarga de cabeçalhos de ip e tcp. Leia sobre isso para obter detalhes). Mas beware : não mude mais do que 1 coisa, e teste intensamente a cada vez. Você pode estragar completamente sua conexão!
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rotas: você pode ter coisas conflitantes, como vários gateways padrão, etc., possivelmente gerando tráfego indesejado (como pacotes duplicados inúteis).