Should I boot from the USB drive with Mountain Lion and do a clean install?
Sim.
Se ainda não o fez, baixe o instalador do OS X Mountain Lion através da Mac App Store (por exemplo, do seu antigo Mac). Você pode usar o Lion Disk Maker para colocar o instalador em uma unidade flash de sua escolha.
Insira a unidade USB e inicialize mantendo pressionada a tecla ⌥ Option durante a inicialização . A instalação será iniciada e você poderá instalar o OS X Mountain Lion no SSD.
Também é possível restaurar um backup existente do Time Machine, mas primeiro você precisa inicializar o instalador, o que possibilitará a recuperação de um backup do Time Machine, se bem me lembro. Uma instalação nova seria preferida embora. Posteriormente, você pode migrar dados existentes por meio do Assistente de migração .