Eu encontrei uma solução. Basta ir ao diretório em que o vim está instalado. Crie _gvimrc e defina a primeira linha:
source $HOME . "\AppData\Roaming\_gvimrc"
O $ HOME ev é o diretório do usuário por padrão. Você também pode definir variáveis de ambiente de tempo de execução para fornecer a cada usuário seu próprio diretório de vimfiles dessa maneira.