O Nautilus tem um recurso especial para isso. Crie um arquivo com o nome .hidden
em um diretório e coloque uma lista dos arquivos que você deseja ocultar nesse arquivo.
Você pode usar um comando como este para colocá-los nesse arquivo:
cd ~/Downloads/
touch .hidden
ls . -1 * | sudo tee -a ~/.hidden
colocaria todos os arquivos no diretório Downloads no arquivo .hidden e todos os arquivos desapareceriam da visualização. Ajustá-lo ao seu gosto;)
1 ressalva: Eu não testei isso com os arquivos recentes, mas eu consideraria um bug se não funcionasse assim;)