Bem, depois de rasgar meus olhos com isso eu descobri uma maneira de resolvê-lo e uma causa provável para isso.
Isso só acontece quando o infopath é chamado de um processo de trabalho do iis e, enquanto o servidor COM acaba sendo executado com o usuário do pool de aplicativos, o proprietário do processo é no momento da Conta LocalSystem, por isso os arquivos temporários são gravados no perfil de usuário padrão.
A única maneira de resolvê-lo foi especificar na tela de configuração do DCOM, que o usuário de inicialização sempre deve ser o usuário do pool de aplicativos para cenários de automação.
Isso resolveu, não mais centenas de arquivos cada vez que usamos o aplicativo.
Espero que isso ajude alguém lá fora.