Existem várias versões do Xcode para cada um dos sistemas operacionais do Mac OS X.
O Xcode 3.2.5 é para uma versão mais antiga do Mac OS X e não é executado no Mac OS X Lion. Você precisará baixar o Xcode versão 4 ou posterior para instalar no Mac OS X Lion.
Se você estiver instalando a versão mais recente do Xcode, agora será um binário universal para o Lion e o Mountain Lion.
Se, em vez disso, você estiver tentando instalar uma versão mais antiga, o instalador dirá algo sobre o efeito do "Xcode 4.x.x for Lion".
O Xcode também está disponível gratuitamente na Mac App Store: clique no menu Apple e depois em "App Store ..." e depois procure o Xcode para instalá-lo.