Supondo que seja sempre 3 opções, a. , b. e c. , tente isto:
sed '/^[a-c]\. /{N;N;s/[a-c]\. / /g;s/[\r\n]//g;s/^ //}' file1.txt > file2.txt
Isso funciona pegando três linhas de cada vez usando o comando N , substituindo um espaço por todas as ocorrências a. , b. e c. , excluindo todas as extremidades da linha e, finalmente, excluindo último espaço extra restante no início da linha.