Se você vai encapsular tudo através de um proxy, é melhor executar um proxy diretamente. O tunelamento de DNS, como eu o entendo, é uma maneira de contornar blocos de conteúdo - por exemplo, listas negras de sites e filtros de conteúdo, não contornar sites que permitem dns gratuitos, mas não pesquisas de conteúdo.
Pelo que entendi, você provavelmente está tomando a abordagem errada para tentar resolver o problema