Se você tiver um único disco físico em seu sistema e você estiver inicializando o VHD em um arquivo VHD nesse disco físico, não poderá usar o Bitlocker na partição de disco física de onde o VHD está inicializando e não poderá usar Bitlocker no próprio VHD também. Você pode usar o Bitlocker em partições adicionais que não estão sendo inicializadas.
Fonte
Windows® BitLocker® Drive Encryption cannot be used to encrypt the host volume that contains VHD files that are used for native VHD boot, and BitLocker cannot be used on volumes that are contained inside a VHD.