Sim, existem muitos programas "Chat" que suportam voz. Sua melhor opção seria encontrar uma que use um servidor que sua empresa controle para que a "Chamada" nunca saia da sua rede e você não esteja confiando que um serviço de terceiros esteja funcionando.
Não sei se é gratuito ou se custa dinheiro, mas, no meu trabalho, usamos o Lync pela Microsoft , mas isso é devido à integração com o Outlook e Active Directory e pode ser muito para o que você quer fazer. Como alternativa, você pode usar qualquer uma das muitas combinações cliente / servidor (muitas que são gratuitas e / ou de código aberto) que usam XMPP e suporta comunicação de voz como uma extensão.