O IE no menu Iniciar é um programa diferente daquele que você executa na área de trabalho, portanto, eles são naturalmente diferentes. Não é como se houvesse uma versão do IE e você a estivesse executando em 'Modern UI mode' ou 'Desktop Mode' - você está literalmente rodando dois programas separados.
Além da diferença óbvia em 'aparência e comportamento', há algumas diferenças subjacentes em termos de arquitetura (WinRT para UI Moderna vs. Win32 para Desktop), uma discussão sobre qual provavelmente é mais adequada ao StackExchange do que ao SuperUser. Mas, em suma, uma grande diferença é a maneira como o ciclo de vida dos aplicativos Modern UI funciona significa que eles não consomem continuamente recursos quando você não os usa, como os aplicativos de desktop, o que é útil para executá-los em dispositivos menores. memória e conservação da bateria são mais importantes.