Conseguiu desativar o servidor neste fim de semana e experimentar algumas das sugestões que recebemos até agora.
@ techie007 Nós fizemos o chkdisk primeiro, não houve erros então,
Inicializamos o safemode no próprio servidor e conseguimos fazer o takeownship diretamente nos arquivos e pastas afetados. Isso resolveu o problema.
Mais uma vez, acho que isso é algo que deveria estar em uma KB ou algo do que nos levar a uma tentativa e erro.