Basicamente, não, não há diferença. O som é roteado digitalmente em seu sistema operacional para que você possa diminuir o volume em um ponto e, em seguida, aumentá-lo posteriormente. Não fará diferença se você só estiver falando sobre volume.
Apenas no hardware analógico real (por exemplo, entre a saída do computador e os alto-falantes), você tem problemas quando o volume de origem é muito baixo. Por que é que? Cada sinal analógico transporta ruído. Quanto é explicado por sua relação sinal-ruído .
Se você amplificar um sinal baixo para torná-lo mais alto, você também amplificará o ruído com ele - faz sentido, certo? Assim, se o sinal de sua fonte estiver alto o suficiente, você não precisa amplificá-lo e, portanto, não obterá tanto ruído quanto o contrário.