Primeiro, vá para o gerenciamento de disco no gerenciador de dispositivos no Windows. O pen drive aparece? Nesse caso, tente remover a partição e crie uma nova.
Se isso não funcionar, tente criar e iniciar um Editor de Partições do Gnome livecd para apagar / formatar o disco. Pode ser capaz de realizar mais do que o gerenciamento de disco do Windows é capaz de fazer.