Basta instalar tudo o que puder no seu SSD.
Quando estiver perto de encher, use algo como WinDirStat para identificar as pastas grandes (em "Arquivos de Programas", deixe suas pastas do Windows bem isoladas), mova-as para seu HDD e use junções NTFS para criar um link do antigo local no SSD para o novo local no seu HDD.
Você provavelmente poderia avaliar cada aplicativo pelos prós e contras de movê-lo com base no acesso ao disco e no tamanho do arquivo, mas - francamente - a vida provavelmente é muito curta, por isso considere a frequência com que você usa algo. para mover uma pasta um pouco menor (mas menos usada).