Tudo o que o Disk2VHD faz é duplicar o disco em um VHD, para que você acabe com uma imagem de disco contendo o Windows com uma configuração de hardware imprópria para uso com a VM (daí a tela preta na inicialização).
Assim como se você tirasse o disco rígido de uma máquina física Windows 2003 e o colocasse em um computador físico diferente (chipset diferente, controladores de disco, etc.) ele não inicializaria.
Use o Virtual Machine Manager da Microsoft. Faz um trabalho MUITO melhor de converter máquinas físicas em virtuais.
P2V: convertendo computadores físicos em máquinas virtuais no VMM
Microsoft System Center Virtual Machine Manager (VMM) allows you to convert existing physical computers into virtual machines through a process known as physical-to-virtual (P2V) conversion. VMM simplifies P2V by providing a task-based wizard to automate much of the conversion process
O VMM faz parte do MS System Center , 2012 é a versão atual. Apesar de custar dinheiro, atualmente eles oferecem uma avaliação . O teste durou 365 dias quando baixei há algumas semanas.