Iniciar a recuperação de fábrica restaura uma imagem do sistema no disco rígido, efetivamente a mesma coisa que formatar a unidade em primeiro lugar. Como você cancelou, a imagem não foi completamente copiada e a partição era inválida ou faltava arquivos.
Essencialmente, uma vez que você começou a recuperação de fábrica, não há como voltar atrás. Você pode encontrar alguns de seus arquivos ausentes se usar um programa de recuperação de dados, mas não conte com isso.
Lembre-se: os arquivos dos quais você não fez backup são arquivos que você realmente não queria muito em primeiro lugar.