Uma melhor organização dos repositórios Git é ter um repo por projeto de cliente (ou seja, muitos repo dentro de suas pastas de clientes: um .git dentro de cada subdiretórios de pastas do cliente que correspondem a um diretório raiz do projeto).
A ideia de ter um repo gigante por cliente não é uma boa ideia, especialmente:
- se essa pasta for composta de projetos que podem evoluir independentemente um do outro.
- se a soma total for grande em volume (o que significa que qualquer clone será grande)
Se alguns desses projetos estiverem vinculados, você ainda poderá visualizá-los como um repositório (pai), com a noção de submódulos .