Eu encontrei uma solução usando -c "<</PageOffset [21 32]>> setpagedevice"
, assim:
gs -dPDFSETTINGS=/default -dBATCH -dNOPAUSE -q -sDEVICE=pdfwrite
-sOutputFile=out.pdf -dDEVICEWIDTHPOINTS=637 -dDEVICEHEIGHTPOINTS=907
-dFIXEDMEDIA -c "<</PageOffset [21 32]>> setpagedevice" -f in.pdf
O conteúdo está perfeitamente centrado no documento SRA4.