Várias maneiras vêm à mente, todas usando parâmetros de linha de inicialização. Insira-os em sua configuração do grub para que eles sejam usados na próxima inicialização:
isolcpu=0 -or- isolcpu=1 -- specifies which cpu to ISOLATE.
maxcpus=0 -- specifies to use only core 0
nosmp -- legacy version of maxcpus=0 (depreciated)
Você poderia usar o comando taskset para definir individualmente a afinidade da CPU para cada processo em execução. O ideal seria definir afinidade para init (pid 1) e ter tudo herdado (o que é basicamente o primeiro comando acima).
taskset -p [mask] pid
[mask] é uma máscara de bits para CPUs válidas. para fazer um programa rodar somente na cpu 0, use '1' como máscara, para usar somente cpu 1, use '2' e assim por diante. (para usar ambos, use '3')
Isso pode ser entediante. Não tem ideia de por que você iria querer estragar sua máquina assim, mas ei ... é a sua máquina.