Isso pode ser causado por muitas coisas. Isso acontece muito comigo quando se recupera de ser tomado pelo RDP. Isso não significa necessariamente que você tem um vírus, mas é provável que o código de terceiros cause a falha. (Algo registrado no seu shell).
Felizmente, o explorador se torna bastante resiliente no Windows Vista / 7 para travamentos.
O que eu sugiro é que você use esta ferramenta para desativar seletivamente as extensões do shell que você não precisa e ver se o problema desaparece.
Se você está pronto para isso, você pode fazer uma abordagem sistemática para identificar se alguma extensão está causando isso. Se você não tiver sorte, poderá ter vários problemas, mas com mais informações, será difícil diagnosticar.