Provavelmente suas Entradas do BCD foram apagadas e estão faltando ...
Inicialize WINPE em sua máquina ou até mesmo em uma instalação do Windows DVD e vá para a tela de comandos fornecida no "comando de abertura promt "(ou algo assim) em opções avançadas de instalação e execute o seguinte comando:
bcdboot c:\Windows
Além disso, veja esta referência se tiver problemas neste procedimento.
Isso criará suas Entradas BCD novamente.