Use o comando shutdown .
Exemplo:
shutdown \REMOTEMACHINENAME /r /t:0
ou
shutdown /m \REMOTEMACHINENAME /r /t 0
onde \\ REMOTEMACHINENAME é o nome do computador remoto.
Para obter o comando completo de desligamento de descrição, consulte Como usar a ferramenta de desligamento remoto para desligar e reiniciar um computador no Windows 2000