Parece que você tem o seu bootloader instalado no pen drive USB.
Quando iniciar no Ubuntu com o boot stick e reinstalar o grub na partição / unidade correta ou reinstalar o Ubuntu, certifique-se de apontar o instalador para a partição / unidade correta na etapa em que você configurar sua partição. Você pode ter que entrar no menu de personalização para fazer isso.
você quer algo como:
sudo grub-install /dev/sdx
em que sdx é sua partição primária na unidade que sua bios tenta inicializar