Você pode proteger certas células de todas as alterações, mas não apenas a formatação. No entanto, a maioria das versões do Excel oferece suporte a "Colar especial", onde você pode optar por colar apenas valores ou funções (sem formatação). No Excel 2007, isso foi alterado para "Colar como" com um menu suspenso na faixa de opções.
Existem muitas combinações do que será e não será colado.