Um snippet de código teria facilitado muito a publicação de uma solução!
Seu problema é que o comando de caminho rulez ainda se aplica ao DOS, mesmo quando executado no Windows.
Dê uma olhada mais de perto em seu caminho em cada ambiente mencionado, e a localização do programa telnet, e verifique se o processador de comandos encontrará o executável em cada caso. Você deve ser capaz de especificar o nome do caminho completo do nome do programa telnet no AHK, o que deve resolver o seu problema.
Como alternativa, insira um arquivo de lote chamado telnet.bat na sua pasta de documentos, que chama o programa de telnet real.
Não se esqueça, em ambos os casos, de passar telnet nos parâmetros de entrada da linha de comando, por exemplo: /telnet.exe% 0% 1, etc