Se você não pode usar uma pasta para quebrar permissões, então você diz que isso precisa ser feito para cada arquivo. Como as permissões em um arquivo são um atributo do próprio arquivo, é responsabilidade do criador do arquivo definir as permissões (em oposição ao sistema operacional). Com base nisso, se você estiver recebendo arquivos enviados por meio de um aplicativo da Web, é responsabilidade desse aplicativo definir as permissões do arquivo antes de gravar no disco.