Tecnicamente, usar um contêiner criptografado como AES- > Twofish- > Serpent seria mais rápido, já que o programa Trucrypt (e o sistema operacional) só precisa interagir com um arquivo e não com três.
Você também não precisa abrir um arquivo, depois o segundo e, em seguida, o terceiro, para que também seja mais rápido do ponto de vista do fluxo de trabalho.