Adicione o segundo arquivo EXE como um recurso no programa de wrapper. Então, quando você precisar executá-lo, poderá extrair para um diretório temporário e execute .
(Eu entendo que por eu tenho [sic] o código fonte , você quer dizer código AutoIt?) Eu fiz apenas uma checagem rápida, mas acho que o AutoIt (ou pelo menos o compilador) suporta adicionar e extrair recursos e deve suportar o uso da API do Windows. Quanto à proteção do EXE, há muito pouco que você pode fazer com falta de criptografia strong, mas você pode bloqueia o arquivo, e fechá-lo com o FILE_FLAG_DELETE_ON_CLOSE sinalizador definido para excluí-lo automaticamente.