Suponho que você tenha seu repositório próprio , mas não mencionou qual software você usa para mantê-lo.
Nós usamos reprepro e há uma maneira simples de adicionar um pacote .deb autônomo (sem alterações):
copie o .deb para o servidor do repositório, onde quer que você tenha acesso, como / tmp e execute:
$ reprepro includedeb <codename> /tmp/<debfile>