Sim. Primeiro instale e faça seu sistema funcionar do jeito que você quer. Você pode então instalar o TrueCrypt e criptografar toda a sua partição do sistema.
Passando pelas etapas, você selecionará Single Boot e solicitará que você faça um CD de recuperação e teste a inicialização. Basta percorrer as etapas e sua unidade será criptografada. Após a inicialização, ele solicitará a senha.