É possível montar automaticamente uma partição criptografada antes do login do Windows se você estiver disposto a armazenar a senha como texto simples em sua partição do sistema. Por outro lado, a autenticação de pré-inicialização em TrueCrypt está intimamente ligada à criptografia da partição do sistema, então eu diria que você não pode fazer o que quiser sem modificar o TrueCrypt.
Se você considerar a rota anterior, um simples de uma linha, como
"C:\Program Files\TrueCrypt\truecrypt.exe" /auto /volume \Device\Harddisk0\Partition3 /letter S /password "yourpasswordgoeshere" /quit /silent
faria o truque.
Além disso, o desempenho da criptografia de todo o sistema não é enorme com TrueCrypt, especialmente com a mais recente tecnologia de disco e CPU (instruções SSD, AES NI). Mesmo em hardware mais antigo, é tolerável e, às vezes, imperceptível.