O Firefox armazena esse tipo de informação dentro de uma pasta de perfil separada, que registra todas as suas configurações pessoais, favoritos e histórico. Isso também significa que é mantido separado da instalação, portanto, a instalação de uma nova versão não deve afetá-lo.
Para ter certeza absoluta, primeiro você pode fazer um backup do seu arquivo places.sqlite dentro do seu profile folder e, em seguida, restaure-o se a atualização não o mantiver.
Versões mais antigas do Firefox usaram dois arquivos separados para marcadores e histórico: bookmarks.html e history.dat. A partir do Firefox 3, no entanto, eles passaram a usar o arquivo single places.sqlite. Se você estivesse vindo de uma versão mais antiga do Firefox. Seria difícil mantê-lo, mas como o Firefox é mais novo que o Firefox 3, você não deve ter problemas para atualizar.